A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-graduação (Pro-PPG) é responsável pelos Programas de Pós-graduação Lato Sensu e Stricto Sensu, pela pesquisa e produção científica do UniFOA e pelo controle e atribuição de auxílio financeiro para qualificação do professor. As políticas dos grupos buscam atrelar a articulação de atividades de ensino e pesquisa com as atividades desenvolvidas nessas equipes e as linhas de pesquisa existentes na instituição, contribuindo para o progresso de novas práticas acadêmicas. São considerados os seguintes pontos: a construção de conhecimento técnico capacitando o indivíduo para a formação de profissionais habilitados a atender de forma crítica e autônoma as demandas sociais; incrementar a integração entre ensino, produção técnico-científica e extensão através das ações elaboradas por este setor.
Os projetos desenvolvidos pelo Núcleo de Pesquisa demonstram outra forma de atuação acadêmica do UniFOA. No âmbito da graduação, a pesquisa é exercida por meio da promoção da sistematização e institucionalização da iniciação científica.
Enquanto que nos programas de mestrado, encontram-se a pesquisa instrumental e experimental, intensificando a interação docente-discente (estudante-professor) na prática investigativa como forma de estimular a produção do conhecimento científico na comunidade acadêmica.
Ele também é responsável pela divulgação aos diversos cursos de graduação, de congressos, simpósios e jornadas externos e internos; incentivo à participação em eventos técnico-científicos e estímulo à participação em editais de fomento externos para pesquisa.
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